Формат файла RQC не обнаружен или не поддерживается r блестящий

Question

Я хочу загрузить файл fastq и визуализировать некоторые графики, используя пакет Rqc, особенно функцию rqcQA.

Это код:

library(shiny)
library(Rqc)
  ui <- fluidPage(
    titlePanel("Uploading Files"),
    sidebarLayout(
      sidebarPanel(
        fileInput('file1', 'Choose file to upload',
                  accept = c('.fastq')
        )
      ),
      mainPanel(
        plotOutput("plot1")
      )
    ))

  server <- function(input, output) {
      output$plot1 <- renderPlot({
        inFile <- input$file1
        if (is.null(inFile))
          return(NULL)
        # folder <- "D:/sample.fastq"
      rqcResultSet <- rqcQA(inFile$datapath, workers=1)
        rqcReadQualityBoxPlot(rqcResultSet)
      })
  }

  shinyApp(ui, server)

Я получил ошибку при чтении ввода:

'rqcQA': ошибка в FUN(X[[i]], ...): формат файла не обнаружен или не поддерживается: 0

Когда я заменяю inFile$datapath от folder переменная, я не получаю никаких ошибок:

folder <- "D:/sample.fastq"
rqcResultSet <- rqcQA(folder, workers=1)

Я провел небольшое исследование и нашел исходный код в Github, DetectiveFileFormat.R - это файл, содержащий функцию, которая определяет формат типа.

Любая помощь будет оценена.

Answer 1

Проблема в том, что файл переименован в 0 когда вы загружаете его в блестящий и не проходит rqcQA файл тестов. Попробуйте запустить:

file.rename(inFile$datapath,inFile$name)
rqcResultSet <- rqcQA(inFile$name,workers=1)

Это просто переименовывает файл в исходное имя в текущем wd.

Вы можете альтернативно сделать

rqcResultSet <- rqcQA(FastqFile(inFile$datapath))

пропустить проверку файла.