Ошибка компиляции пакета rj

Question

Большое спасибо за взгляд. Здесь есть предыдущий пост с тем же сообщением об ошибке "не может скомпилировать простую программу JNI", и решение было обновить до R 1.15. Но у меня уже было все в новейшей версии. Хотя он говорит "см. Config.log для деталей", он не указывает местоположение, а "find / -name config.log" в терминале ничего не возвращает.

Это будет утомительный и разочаровывающий процесс, пытающийся заставить это работать. Любая помощь будет высоко ценится.

R версия 2.15.1, 64-битная (я использовал установку Homebrew, но это не должно быть проблемой)

Eclipse 4.2 Cocoa, 64-битный (пробовал также 3.7, тоже не работал)

OSX 10.7.5

Вот сообщение об ошибке:

install.packages(c("rj"), repos = "http://download.walware.de/rj-1.1")
Установка пакетов в '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library'
(поскольку "lib" не указано)
пробуя URL 'http://download.walware.de/rj-1.1/src/contrib/rj_1.1.0-4.tar.gz'
Тип контента 'application/x-tar' длина 314501 байт (307 Кб)
открытый URL
==================================================
скачано 307 Кб

* установка * исходного кода * пакета 'rj' ...
проверка R конфиг... найдено
    R_HOME: /usr/local/Cellar/r/2.15.1/R.framework/Resources
проверка на gcc... cc
проверка имени выходного файла компилятора C по умолчанию... a.out
проверка работоспособности компилятора C... да
проверяем, кросс-компилируем ли мы... нет
проверка суффикса исполняемых файлов... 
проверка суффикса объектных файлов... o
проверяем, используем ли мы компилятор GNU C... да
проверка, принимает ли cc -g... да
проверка опции cc для принятия ISO C89... не требуется
проверка поддержки Java в R... ок
    JAVA_HOME: /System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home
    JAVA: /usr/bin/java
    JAVAC: /usr/bin/javac
    JAVAH: /usr/bin/javah
    JAVA_CPPFLAGS: -I/ Система / Библиотека / Java / JavaVirtualMachines / 1.6.0.jdk / Содержание / Главная / включить
    JAVA_LIBS: -рамка JavaVM
    JAR: /usr/bin/jar

настроить: создание./config.status
config.status: создание src/Makevars
=== настройка в jri (/private/var/folders/7p/q7qb1n2d277c9tqt65s5wy_c0000gn/T/RtmpVlP2YK/R.INSTALL2c9175fac4e/rj/jri)
configure: выполняется /bin/sh ./configure --disable-option-check '--prefix=/usr/local'  --cache-file=/dev/null --srcdir=.
проверка типа системы сборки... i386-apple-darwin11.4.2
проверка типа хост-системы... i386-apple-darwin11.4.2
проверка на gcc... cc
проверка имени выходного файла компилятора C по умолчанию... a.out
проверка работоспособности компилятора C... да
проверяем, кросс-компилируем ли мы... нет
проверка суффикса исполняемых файлов... 
проверка суффикса объектных файлов... o
проверяем, используем ли мы компилятор GNU C... да
проверка, принимает ли cc -g... да
проверка опции cc для принятия ISO C89... не требуется
проверка, как запустить препроцессор C... cc -E
проверка на grep, который обрабатывает длинные строки и -e... /usr/bin/grep
проверка на egrep... /usr/bin/grep -E
проверка на наличие заголовочных файлов ANSI C... rm: conftest.dSYM: это каталог
rm: conftest.dSYM: это каталог
да
проверка работоспособности интерпретатора Java... проверка возможности компиляции программ JNI... configure: error: Невозможно скомпилировать простую программу JNI. Смотрите config.log для деталей.
настроить: ошибка: ./configure не удалось для Jri
ОШИБКА: сбой конфигурации для пакета 'rj'
* удаление '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rj'
* восстановление предыдущей '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/rj'

Загруженные исходные пакеты находятся в
    '/ Частный / вар / папки / 7р /q7qb1n2d277c9tqt65s5wy_c0000gn/T/RtmpNM4Pyx/downloaded_packages'
Предупреждающее сообщение:
В install.packages(c("rj") repos = "http://download.walware.de/rj-1.1"):
  установка пакета 'rj' имела ненулевой статус выхода

Вот информация о сессии.

sessionInfo () R версия 2.15.1 (2012-06-22) Платформа: x86_64-apple-darwin11.4.0 (64-разрядная версия) Язык:
[1] прикрепленные базовые пакеты:
[1] stats     graphics  grDevices использует загруженные базы методов наборов данных через пространство имен (и не подключено):
[1] tcltk_2.15.1 tools_2.15.1

Answer 1

Я столкнулся с той же проблемой, и ниже решение работало для меня. Пожалуйста, следуйте инструкциям

1.) Вам необходимо выполнить эту команду на терминале - R CMD javareconf 2.) После этого проверьте совместимость StatET с пакетом rJ, который находится в следующем порядке.

Для RJ 2.0 (StatET 3.4 - 3.5): install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="http://download.walware.de/rj-2.0")

Для RJ 1.1 (StatET 3.0 - 3.3): install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="http://download.walware.de/rj-1.1")

Для RJ 1.0 (StatET 2.0): install.packages(c("rj", "rj.gd"), repos="http://download.walware.de/rj-1.0")

Для RJ 0.5 (StatET 0.10): install.packages ("rj", repos = "http://download.walware.de/rj-0.5")

3.) После того, как вы узнаете свою совместимую версию в соответствии со StatET, выполните команду установки пакета. например. Я использую StatET 3.5, таким образом, для меня будет работать RJ 2.0, а не другие.

Так что команда будет {install.packages (c ("rj", "rj.gd"), repos = "http://download.walware.de/rj-2.0")}

4.) После завершения установки убедитесь, что переменные среды установлены правильно, если вы используете какую-либо IDE (например, Eclipse). Пути к библиотекам должны быть установлены в Eclipse или любой другой IDE.

Перейдите по этой ссылке в случае каких-либо проблем - http://www.walware.de/?page=/it/statet/installation.html