Ошибка установки системной среды для пути для tar и gzip в R(Studio) для Windows

Я пытаюсь использовать пакет R ( TCGA2STAT), который требует tar и gzip. Однако у меня возникли проблемы с получением R для использования исполняемых файлов tar/gzip, которые я установил. Я установил RTools и попытался установить переменные TAR и R_GZIPCMD следующим образом:

Sys.setenv(TAR ="C:\\Rtools\\bin\\tar")
Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\\Rtools\\bin\\gzip")

Но когда я бегу getTCGA() функция из пакета TCGA2STAT, я получаю следующую ошибку:

tar (child): gzip: Cannot exec: No such file or directory
tar (child): Error is not recoverable: exiting now
/Rtools/bin/tar: Child returned status 2
/Rtools/bin/tar: Error is not recoverable: exiting now
Error in file.rename(from = fileList, to = fname) : 
  'from' and 'to' are of different lengths
In addition: Warning messages:
1: In system(cmd, intern = TRUE) :
  running command 'C:\Rtools\bin\tar -ztf "BRCA-RNAseq2GeneNorm.tar.gz"' had status 2
2: In utils::untar(paste(dataset, "-RNAseq2GeneNorm.tar.gz", sep = ""),  :
  ‘C:\Rtools\bin\tar -zxf "BRCA-RNAseq2GeneNorm.tar.gz"’ returned error code 2

я использовал Sys.which("tar")и вернулся

tar 
 "" 

Таким образом, я думаю, что я не правильно установил системные переменные? Кстати, у меня установлен Cygwin, поэтому я попытался использовать его tar/gzip, но я получил те же результаты. Что я делаю неправильно? Любая помощь приветствуется!

Моя настройка:

  • Windows 7
  • R 3.5.1
  • RStudio 1.0.143

0 ответов

Другие вопросы по тегам