Подмножество несопоставленных строк из фрейма данных, состоящих из значений в нескольких столбцах во втором фрейме данных

Question

Я хотел бы "извлечь" строки данных из разделенного табуляцией фрейма данных (df1), где записи только в столбцах 1, 2 и 3 не найдены во втором фрейме данных (df2), но сохраняя все значения столбцов в df1.,

Вот минимальный пример

df1

chr     start       end         pvalue      S1          S2
chr10   100028205   100028508   8.97E-01    3.0373832   3.6170213
chr10   100227439   100227832   5.04E-14    10.6730769  2.7279813
chr10   100992157   100992687   6.66E-03    12.6997477  17.3807599
chr10   100993821   100994188   9.94E-01    2.4369017   2.2819886
chr10   101089011   101090655   1.48E-07    6.6696846   9.3321407
chr10   101190452   101190925   5.37E-01    0.9708738   0.5974608
chr10   101279942   101280382   4.72E-03    7.2614108   11.8119266
chr10   101281182   101282116   1.34E-01    20.0733945  22.3736969
chr10   101282726   101282934   3.02E-01    15.7142857  19.6261682
chr10   101287163   101287920   6.95E-01    24.543379   25.7190265

мой фактический набор данных будет иметь различные числа chr в "chr" и еще тысячи строк и еще несколько столбцов данных

df2

chr     start       end         
chr10   100227439   100227832   
chr10   100992157   100992687   
chr10   101089011   101090655   
chr10   101287163   101287920   

Желаемый результат:

df3

chr     start       end         pvalue      S1          S2
chr10   100028205   100028508   8.97E-01    3.0373832   3.6170213
chr10   100993821   100994188   9.94E-01    2.4369017   2.2819886
chr10   101190452   101190925   5.37E-01    0.9708738   0.5974608
chr10   101279942   101280382   4.72E-03    7.2614108   11.8119266
chr10   101281182   101282116   1.34E-01    20.0733945  22.3736969
chr10   101282726   101282934   3.02E-01    15.7142857  19.6261682

Я пробовал различные команды, включая:

df3 <- df1[!(df1[,1:3] %in% df2[,1:3])]

который возвращает все df1

df3 <- df1[!(df1$chr & df1$start & df1$end) %in% df2$chr & df2$start & df2$end]

ошибки

Answer 1

Предполагая, что и df1, и df2 являются кадрами данных.

library(dplyr)
anti_join(df1, df2)
# Joining by: c("chr", "start", "end")
#     chr     start       end  pvalue         S1         S2
# 1 chr10 101282726 101282934 0.30200 15.7142857 19.6261682
# 2 chr10 101281182 101282116 0.13400 20.0733945 22.3736969
# 3 chr10 101279942 101280382 0.00472  7.2614108 11.8119266
# 4 chr10 101190452 101190925 0.53700  0.9708738  0.5974608
# 5 chr10 100993821 100994188 0.99400  2.4369017  2.2819886
# 6 chr10 100028205 100028508 0.89700  3.0373832  3.6170213