Описание тега taverna

Описание тега Вопросы с тегом

Taverna - это система документооборота для научных процессов.

Taverna - это система документооборота для научных процессов. Экосистема имеет несколько основных компонентов:

SCUFL2 и t2flow - языки, используемые для определения рабочих процессов. Эти языки по своей сути параллельны; данные автоматически обрабатываются, когда они доступны, когда рабочий процесс исполняется. SCUFL2 является основным языком рабочего процесса для Taverna 3, и t2flow является основным языком рабочего процесса для Taverna 2.
Taverna Engine - библиотека для выполнения рабочих процессов, написанная на Java 7. Движок имеет очень высокую степень внутреннего параллелизма, так что сами рабочие процессы описывают ограничения на то, что делается одновременно, а не механизм, предписывающий ограничения извне,
Taverna Command Line Tool - простая оболочка вокруг Engine, чтобы создать программу, которая может запускать рабочие процессы в командной строке, принимая входные данные из файлов и записывая выходные данные в файлы.
Taverna Server - сервис, основанный на Механизме, который позволяет запускать рабочие процессы в течение длительных периодов времени несколькими пользователями одновременно, и который предоставляет интерфейсы REST и SOAP для работы с ними. Клиентам Taverna Server не нужно писать на Java; все операции используют форматы данных, которые не зависят от языка (или которые работают с SCUFL2 или t2flow).
Taverna Workbench - IDE для рабочих процессов Taverna, которые проектируют, проверяют, запускают и отлаживают эти рабочие процессы.

Таверна находится в процессе перехода к Apache. Исходный код текущей версии разработки (Taverna 3) был перенесен, но текущая поддерживаемая версия (Taverna 2.5) остается продуктом (главным образом) Манчестерского университета при LGPL. Таким образом, ссылки ниже разбросаны между несколькими сайтами.

Главный сайт (включая ссылки для скачивания билдов)
Документация
Таверна 3 Источник
Таверна 2 Источник

Предпочтительная академическая цитата для таверны:

Кэтрин Уолстенкрофт, Роберт Хейнс, Донал Феллоуз, Алан Уильямс, Дэвид Уизерс, Стюарт Оуэн, Стиан Соиленд-Рейес, Ян Данлоп, Александра Ненадич, Пол Фишер, Джитен Бхагат, Халид Белхаджам, Финн Бэколл, Алекс Хардисти, Абрахам Нива Мария П. Бальказар Варгас, Шоаиб Суфи и Кэрол Гобл (2013): " Набор рабочих процессов Taverna: разработка и выполнение рабочих процессов веб-служб на настольном компьютере, в Интернете или в облаке ", Nucleic Acids Research, 41 (W1): W557 -W561. doi: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt328