FFTW, "Самое быстрое преобразование Фурье на Западе", представляет собой библиотеку C, которая реализует дискретные преобразования Фурье. Он находится под лицензией GNU GPL.

Домашняя страница FFTW: http://www.fftw.org/
FAQ: http://www.fftw.org/faq/