Описание тега app.yaml

С помощью app.yaml вы можете настроить приложение App Engine. Для приложений Java это позволяет вам легче настроить ваше приложение и с меньшим количеством файлов, чем при стандартной конфигурации web.xml. Вы можете использовать app.yaml, если ваше приложение не должно быть переносимым на другие серверы приложений Java.

Источник: developer.google.com (конфигурация приложения Java с использованием app.yaml)