Описание тега unmarked-package
Unmarked - это пакет для R, который предоставляет модели для данных от немаркированных животных.
1
ответ
unmarked::gdistsamp(): ошибка в optim: не конечное разностное значение
У меня проблемы с подгонкой модели gdistsamp() (пакет без опознавательных знаков). Всякий раз, когда я добавляю больше переменных, я получаю ошибку "не конечное значение с конечной разностью": > t1 <- proc.time() > Sys.time() [1] "2014-12-3…
30 дек '14 в 14:12
0
ответов
Ошибка R - проверка удаленных ошибок, возвращающих проблемы с несколькими узлами
В настоящее время я пытаюсь запустить тесты на соответствие данных в unmarked пакет. Для этого я использую код, написанный в соответствующей группе Google. Это зависит от парбота, чтобы оценить правильность подгонки модели. Затем он производит значе…
19 сен '18 в 08:55
0
ответов
Пакет R без опознавательных знаков gdistsamp distsamp pcount
Я относительно новичок в R. Я проводил повторные подсчеты по 10 минут в течение одного сезона. У меня есть 50 участков (радиус 100 м), реплицированных на 3 съемки, и каждое отдельное наблюдение (n = 1108) регистрируется с дискретными интервалами рас…
16 ноя '14 в 17:15
0
ответов
Ошибка длины программы (R)
Я запустил этот точный код с некоторыми пробными данными, и он, кажется, работал просто отлично, но когда я сделал больший набор данных, R выдал ошибку: Error in unmarkedFrameDS(y = as.matrix(ydat), , survey = "line", dist.breaks= c(0,:tlength shoul…
05 май '15 в 17:48
1
ответ
formatDistData(), расстояния должны быть числовыми
Этот вопрос мог быть повторен. Но даже пройдя по предыдущим ссылкам, я не могу решить эту проблему. Я пытаюсь использовать функцию formatDistData() из неотмеченного пакета, однако, при запуске кода yDat <- formatDistData(Detects1, distCol="distan…
14 сен '17 в 21:37
0
ответов
Ошибка: гессиан единственный. Попробуйте указать начальные значения или использовать меньше ковариат
Я пытаюсь запустить просто модель занятости, используя unmarked пакет в R, Прежде чем указать на различные группы Google и ответы на них, да, я видел выше и не нашел ответа, и, следовательно, я публикую здесь. Я пробовал тест без каких-либо ковариат…
02 дек '18 в 20:06
1
ответ
Земснаряд на модели без опознавательных знаков (R MuMIn)
Я углубляю модель без опознавательных знаков и столкнулся с несколькими препятствиями: 1) После первого углубления в компоненте обнаружения модели, я пытаюсь выделить компонент занятости модели с фиксированным поднабором предикторов, ранее выбранных…
18 июл '18 в 16:42
0
ответов
Проблемы при параллельном запуске моделей на суперкомпьютере - do.call не распознает мой список моделей в parLapply/clusterApply
Я пытаюсь запустить список моделей параллельно, удаленно подключаясь к суперкомпьютеру, чтобы использовать много ядер (через computeCanada), используя parLapply параллельного пакета. Когда я запускаю линию: modsout<-parLapply(cl=cl, X=mods, fun=r…
14 май '19 в 23:20
0
ответов
Как исправить ошибку "Невозможно напрямую преобразовать неотмеченную оценку с длиной> 1" в R?
Я пытаюсь построить линейный график зависимости плотности в реальном масштабе, основываясь на оценках модели (hn.ls). Но я застрял на обратном преобразовании его в реальный масштаб. Я прав в обратном преобразовании или я должен был идти прямо к сюже…
11 июн '19 в 00:11
0
ответов
R не будет запускать модель, потому что настаивает на том, что данные не являются объектом Occu UnmarkedFrame
Я пытаюсь создать модель размещения двух видов, используя unmarkedFrameOccuMulti, Я преуспел в создании UMF и даже получил базовый график обнаружений, но когда я пытаюсь запустить отдельную модель, я получаю сообщение об ошибке; Error in occu(~1, ~V…
26 июн '19 в 17:02
2
ответа
Тестирование на мультиколлинеарность ковариат для моделей занятости в R
Я пытаюсь проверить мультиколлинеарность среди моих ковариат в модели занятости в R. Я использую пакет unmarked для этих моделей занятости. Я пытался использовать VIF, но он не поддерживается в этом пакете. Кто-нибудь может знать, как я могу провери…
16 авг '19 в 15:32
0
ответов
Что конкретно означает "неправильное количество измерений в ObsCovs" и как с этим бороться?
Я пытаюсь создать немаркированный фрейм занятости, однако у меня по-прежнему возникают проблемы с "количеством измерений" в моих ковариатах наблюдения. Я уже пробовал очевидную вещь, которая заключалась в том, чтобы убедиться, что ковариаты наблюден…
20 сен '19 в 12:11
0
ответов
Предупреждающее сообщение, относящееся к ковариатам сайта при создании немаркированного кадра занятости
Я получаю предупреждающее сообщение "некоторые наблюдения были отклонены, поскольку соответствующие ковариаты отсутствовали" с приведенным ниже кодом. Я не получил того же предупреждения, когда запустил следующий код с меньшим набором данных. Я не з…
09 окт '19 в 00:19
0
ответов
К чему относится сообщение об ошибке "hessian is singular" при построении кадра занятости без пометки?
WolvesModelB <- unmarkedFrameOccu(y=WolfDetMat3, siteCovs=Site.Covs.Wolves1B, obsCovs=list(site.SAL=site.SAL[,c("occ_1", "occ_2", "occ_3", "occ_4", "occ_5", "occ_6", "occ_7", "occ_8", "occ_9", "occ_10", "occ_11", "occ_12", "occ_13", "occ_14", "oc…
10 окт '19 в 18:07
0
ответов
Связано ли предупреждающее сообщение "усечь до двоичного кода" с сообщением об ошибке "hessian is singular"?
Когда я выполняю приведенный ниже код, я получаю предупреждающее сообщение; В truncateToBinary(y): некоторые наблюдения были> 1. Они были усечены до 1. У меня 111 сайтов и 4 ковариаты сайтов. 2 - значения, варьирующиеся от 0 до 1, а другие 2 - станд…
15 окт '19 в 15:18
0
ответов
Несоответствие между эстетикой и набором данных при создании коробчатой диаграммы с помощью ggplot geom_boxplot
введите описание изображения здесь Я считаю, что это ссылка на фотографию моего участка - если нет; На моем графике есть 3 столбца, соответствующие 3 различным уровням фактора (статус защиты). Ось y - это "предполагаемая занятость", поэтому данные и…
21 окт '19 в 19:09
1
ответ
R Ошибка без пометки: obsCovData не имеет строк M*obsNum
Я новичок в R и пытаюсь смоделировать вероятность заселения для своего вида (Lepilemur). У меня есть 21 сайт, 2 ковариаты сайта и 3 ковариаты наблюдения. Мой код выглядит следующим образом: lepi<-read.csv("Lepilemur2.csv", header=T) nSites<- 2…
26 ноя '19 в 13:30
0
ответов
Как провести усреднение моделей S4
Поскольку у меня есть 2 модели в пределах AIC delta 2 друг от друга, мне нужно взять среднее из моделей. Ни один из кодов, которые я нашел в пакете AICmodavg, не предназначен для моделей S4, все для S3. Как сделать усреднение модели с моделями S4, п…
02 дек '19 в 18:19
0
ответов
Как заставить R читать данные как категориальные, а не непрерывные (для моделей S4)
Я использую немаркированную модель занятости, и одна из моих ковариат - защищенный статус. Эта ковариата имеет 3 уровня 0, 1 и 2. Мне нужно взять усредненную по модели оценку влияния ковариаты и занятости. В настоящее время R считывает ковариату как…
15 янв '20 в 22:17
0
ответов
Почему моя полоса увеличивается вдвое при построении geom_col?
введите описание изображения здесь Я рисую оценки занятости по отношению к категориальной переменной для различных типов защищенного статуса. Я использую geom_col, так как хочу, чтобы на графике отображались эти значения занятости, а не количество с…
25 окт '19 в 13:54