Быстрая установка: /usr/lib/R/etc/Makeconf:168: рецепт для цели 'Norm.o' не выполнен

Question

Я пытаюсь установить пакет Rfast. Это дает мне следующую ошибку,

/usr/lib/R/etc/Makeconf:168: recipe for target 'Norm.o' failed
    make: *** [Norm.o] Error 1

Полное сообщение об ошибке это,

> install.packages("Rfast", dependencies = TRUE)

* installing *source* package 'Rfast' ...
** package 'Rfast' successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
g++ -std=gnu++11 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/home/haseeb/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" -I"/home/haseeb/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/RcppArmadillo/include"   -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-AitvI6/r-base-3.4.4=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Diag.cpp -o Diag.o
g++ -std=gnu++11 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG  -I"/home/haseeb/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include" -I"/home/haseeb/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/RcppArmadillo/include"   -fopenmp -fpic  -g -O2 -fdebug-prefix-map=/build/r-base-AitvI6/r-base-3.4.4=. -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -c Norm.cpp -o Norm.o
In file included from Norm.cpp:4:0:
templates.h: In function 'SEXPREC* eachrow_helper(SEXP, SEXP)':
templates.h:904:15: error: there are no arguments to 'DATAPTR' that depend on a template parameter, so a declaration of 'DATAPTR' must be available [-fpermissive]
   T *xx=(T *) DATAPTR(x),*xend=xx+ncol*nrow,*yy=(T *) DATAPTR(y),yvalue,*x3;
               ^~~~~~~
templates.h:904:15: note: (if you use '-fpermissive', G++ will accept your code, but allowing the use of an undeclared name is deprecated)
templates.h:904:55: error: there are no arguments to 'DATAPTR' that depend on a template parameter, so a declaration of 'DATAPTR' must be available [-fpermissive]
   T *xx=(T *) DATAPTR(x),*xend=xx+ncol*nrow,*yy=(T *) DATAPTR(y),yvalue,*x3;
                                                       ^~~~~~~
templates.h:905:32: error: there are no arguments to 'DATAPTR' that depend on a template parameter, so a declaration of 'DATAPTR' must be available [-fpermissive]
   RETURN_TYPE *m=(RETURN_TYPE*)DATAPTR(mat);
                                ^~~~~~~
/usr/lib/R/etc/Makeconf:168: recipe for target 'Norm.o' failed
make: *** [Norm.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package 'Rfast'

Моя сессия информация выглядит следующим образом,

> sessionInfo()
R version 3.4.4 (2018-03-15)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.7.1
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.7.1

locale:
 [1] LC_CTYPE=C                 LC_NUMERIC=C               LC_TIME=de_DE.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=C               LC_MONETARY=de_DE.UTF-8    LC_MESSAGES=C             
 [7] LC_PAPER=de_DE.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.4 tools_3.4.4    yaml_2.2.0 

Есть ли кто-нибудь, кто может помочь мне решить эту проблему?

Answer 1

Я считаю, что проблема в том, что я забыл добавить

#include <Rinlinedfuns.h>

но я не могу использовать этот файл. DATAPTR объявлен в этом файле.

Answer 2

Я получаю точно такую ​​же ошибку на своем настольном компьютере и ноутбуке под управлением Ubuntu 16.04 и затрудняюсь исправить это.

Мне кажется, что это плохая практика кодирования (использование функции DATAPTR(x) без предварительного объявления). Я попытался найти объявление для DATAPTR в заголовочных файлах, но ничего не было найдено.

DATAPTR(x) определяется в /usr/share/R/include/Rinternals.h, который явно не включен в Norm.cpp тогда как он включен в Diag.cpp Последний компилируется без ошибок.

Я не знаю, почему это компилируется на других машинах и не работает только на наших. Версия g++:

g++ (Ubuntu 5.4.0-6ubuntu1 ~ 16.04.10) 5.4.0 20160609

Я ожидаю, если Rinternals.h явно не включается везде, где требуется DATAPTR, тогда он должен завершаться сбоем во всех установках, если только нет способа указать компилятору включить Rinternals.h по умолчанию?